MessageBox
А можно ли при использовании qlua задать вопрос пользователю и дождаться от него ответа?
Можно. Берем библиотеку LuaCom:
require "luacom"
sh = luacom.CreateObject("WScript.Shell")
res = sh:popup("Format C:\nAre you sure?", 0, "Attention", 4+16)
message(tostring(res),1)
Маленькое правило. Не стоит это использовать в колбеках. Ну вы поняли...
Подробнее о методе popup в MSDN.